Το Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων είναι ένα από τα τριάντα Ιδρυτικά μέλη της Ένωσης Βαλκανικών Πανεπιστημίων (Balkan Universities Association).
Ο πρωταρχικός στόχος της Ένωσης Βαλκανικών Πανεπιστημίων είναι η δημιουργία ενός ενιαίου οράματος για το μέλλον των Πανεπιστημίων, των Βιβλιοθηκών, των Ερευνητικών Κέντρων στην περιοχή των Βαλκανίων, λαμβάνοντας υπόψη τις κοινές παγκόσμιες αξίες, αλλά και τις ανάγκες της εκάστοτε εποχής. Επιπλέον, η ίδρυση ενός επιστημονικού δικτύου με την υλοποίηση από κοινού επιστημονικών προγραμμάτων στους τομείς της έρευνας, του πολιτισμού, της τέχνης, της ιστορίας, της οικονομίας, της εκπαίδευσης και του αθλητισμού συγκαταλέγεται στους βασικούς στόχους της Ένωσης.
Πιο συγκεκριμένα, οι στόχοι της Ένωσης καθορίζονται ως εξής:
-Βελτίωση του διαπολιτισμικού διαλόγου λαμβάνοντας υπόψη τη σπουδαιότητα της περιοχής.
-Δημιουργία μιας μακρόχρονης επιστημονικής συνεργασίας.
-Επιδίωξη συνεργασίας με πανεπιστήμια, αναγνωρισμένα και προτεινόμενα από την παγκόσμια επιστημονική και ακαδημαϊκή κοινότητα.
-Υλοποίηση κοινών επιστημονικών μελετών και προγραμμάτων έρευνας και καινοτομίας.
-Διοργάνωση κοινών πολιτιστικών, καλλιτεχνικών και αθλητικών δραστηριοτήτων.
-Διοργάνωση προγραμμάτων ανταλλαγής για φοιτητές, όπως το Erarmus.
-Διοργάνωση προγραμμάτων εκπαίδευσης για την εκμάθηση γλωσσών των χωρών- μελών της Ένωσης.
-Δημιουργία επικοινωνιακού δικτύου που θα επιτρέπει την ανταλλαγή γνώσεων μεταξύ των Πανεπιστημίων.
Το Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων συμμετέχει στην τριμελή Εκτελεστική Επιτροπή με τον πρώτο Πρόεδρο της Ένωσης Βαλκανικών Πανεπιστημίων για το έτος 2014, τον Αναπληρωτή Πρύτανη και πρώην Πρύτανη κ. Τριαντάφυλλο Αλμπάνη. Οι Πρυτάνεις των Πανεπιστημίων Αδριανούπολης και St. Kliment Ohridski της Σόφιας, μέλη της Εκτελεστικής Επιτροπής, θα αναλάβουν διαδοχικά την Προεδρία της Ένωσης για τα έτη 2015 και 2016.
